เกาะพระทอง มีระบบนิเวศที่หลากหลายและเชื่อมโยงกัน อย่างสมบูรณ์ที่สุด โดยมีระบบนิเวศทางทะเล เป็นทะเลเปิดอันสวยงาม ตลอดทั้งแนวทิศเหนือจรดใต้ เป็นแนวป่าชายเลนที่อุดมสมบูรณ์   ถัดเข้าไปกึ่งกลางตัวเกาะจนถึงแนวป่าชายหาดจะเป็นพื้นที่ทุ่งหญ้าและ

ป่าเสม็ด กว้างใหญ่น่าตื่นตาตื่นใจมาก ต่อจากป่าชายหาดจะเป็นแนว
ชายหาดจะเป็นแนวหาดทรายซึ่งอยู่ด้านตะวันตกของ ตัวเกาะ จะเห็น
ว่าเกาะพระทอง มีระบบนิเวศที่หลากหลายและมีความเชื่อมโยง ส่งผลให้พื้นที่ มีความอุดมสมบูณรณ์ ด้วยทรัพยากรสูงมาก ประกอบด้วย
สัตว์น้ำ สัตว์บก สัตว์ป่า ที่หลากหลาย
   กรมทรัยกรทางทะเลและชายฝั่งได้คิดติดตามศึกษาทรัพยการเกาะพระ
ทองอย่างต่อเนื่อง และได้นำเสนอ เป็นพื้นที่อนุสัญญาว่าด้วยพื้นที่ชุ่มน้ำ